Bonjour !
Je suis dans le même cas de figure que toi, je suis en Terminale et je suis accepté dans ces deux lycées en MPSI. J'ai fait pas mal de recherches et j'ai également pu demander à plusieurs personnes s'y connaissant, et d'après elles le niveau des classes scientifiques des deux établissements est similaire. Ça va être à nous de bien bosser pour réussir dans la voie que l'on choisit. La seule différence flagrante est l'aspect beaucoup plus tradi au Prytanée qu'à Saint-Cyr qui peut ou non te correspondre.
Ce n'est que le fruit de mes recherches, je ne connais personne qui est dans un de ces deux lycées mais j'espère que mon message pourra t'être utile !